можно в принципе и так и так, все равно коряво выходит....
, встроенный и2с это больше фикция чем реальный порт.... это скорее метаморфоза усб порта который адаптирован для и2с, возможно я что то путаю, но на атмеге 16 гемор ещё тот был....
что касается памяти лучше поставить внешнюю, причина простая, и2с память можно стереть только выполнив определённые условия по протоколу, а в авр-ке, в случае како го либо косяка память может элементарно стереться.
кстати, если интересно могу кусок проги дать с атмеги16, которая как раз на и2с работает....(управление аудио процесором тда7313)