Совершенно верно. И все это делается уже в прерывании. Многие мануалы говорят, что так нельзя делать, но если очень хочется... Все отлично работает.
И если быть до конца точным, таемер функцию не вырубит, а поставит флаг, по которому функция отключится, скорее всего в ней есть цикл проверки этого флага.