Перед началом фокусировки пробуйте вручную ставить разные значения Focus Value (даже откровенно плохие) с отклонением в разные стороны от хорошего значения. В сканере бывают глюки, когда ему надо зайти в автофокус издалека с определённой стороны.
Если будет барахлить ИК-линейка, то счастья не будет ни с бэкапом, ни без бэкапа, т.к. из-за этой линейки возникает ошибка 01314-0000.