В двух местах у Вас проблемы - в сканере и в той половине PCI-платы, куда идут провода от сканера.
Надо снимать плату сканера и компьютерную плату, выдёргивать втулочки, стучать эти платы (без фанатизма, подложив белый листик для видимости) ребром об стол, чтобы вытряхнулся мусор. Потом тонкой отвёрточкой выпрямить лепестки, чтобы они были примерно в одной плоскости (сильнее сжимали провод) и собрать всё на место. Обрезать и, тем более, обжигать ничего не надо если оболочка оптоволокна не погрызана.