Подробно какие файлы куда копировали?

из старой папки Фотоцентра (которая в progaram files, я ее сохранил предварительно) во вновь установленную программу.

Пытался, все-равно нету. 

Откуда им там взяться, если после переустановки системы и Фотоцентра вы не делали ни одного бэкапа?

Пытаюсь загрузить конфигурацию, но в итоге в левом окошке (столбиком) ничего не появляется (хотя раньше было несколько конфигураций)

Нужно скопировать в папку с рабочей версией программы необходимые файлы из архивной копии, тогда всё будет.

Про ком порты много могу чего рассказать. Не используйте переходники USB-COM  - рабоают кранйне нестабильно, USB-LPT вообще не видел не одного работоспособного варианта. Если уже приспичило исползовать то в электропитании USB снимите галочку "Разрешить отключение устройства для экономии энергии"

Короче ставте адаптеры PCI и PCI-E 1x и не будет проблем. На многих материках COM порт не разведен сзади, но штырьки на плате присутствуют можно поставить планочку и подсоеденить к плате.   Удобно платы с нужными характеристиками искать на яндекс маркете, например так:

http://market.yandex.ru/guru.xml?CMD=-RR%3D0%2C0%2C0%2C0-VIS%3D8070-CAT_ID%3D754893-EXF%3D1-EXC%3D1-PG%3D10&hid=91020

Все операции с ком портом удобно делать из проги COM Port Toolkit смотрите в посте у Yra на первой странице этого поста. Замечательный инструмент, нашего разработчика, с удовольствием купил эту прогу и юзаю уже много лет. Может работать как терминал, захват и сниффер. Призываю купить :-)

ничего не появляется (хотя раньше было несколько конфигураций) 

Раньше - это когда?Если до переустановки программы, то это естественно.По поводу таймингов на Грете ничем помочь не могу, так как нет таких машин в наличии.

Про тип вашего станка - ни слова нет... Но если это СФА шка - то на машине время R-time в меню Time exposure setup. Там 3 "слопа", это как раз выдержка по форматам. Вызывается кнопкой Rep.