Подобная тема подымалась здесь - комп не грузится из-за переизбытка подключаемых флэшек.
http://minilabmaster.com/cgi-bin/yabb2/YaBB.pl?num=1231937536/0#6
Нашел тут в сети прогу, для очитки реестра именно от последствия втыкания множества флэшек, попробуйте и отпишитесь, помогает ли? Уменьшается ли размер файла реестра SYSTEM.
Как ползоватся -
Не забудьте отключить все USB-диски и CD-ROM\'ы.
Работа утилиты требует наличия административных полномочий у текущего пользователя.
По-умолчанию утилита НЕ будет ничего стирать, чтобы это сделать нужно отметить соответствующую галочку.
По-умолчанию утилита ведёт подробный отчёт и создаст .reg-файл в папке "Документы" для отката изменений.
В архиве файлы для 32 и 64 разрядых осей.
Сайт программы - http://www.cherubicsoft.com/projects/usboblivion#.UhiedEZRIgh